但是，从总体上来看，司马迁的“究天人之际”，并不是阐释他的老师董仲舒“道之大原出于天”的神学思想，而恰好相反是对董仲舒神学思想体系的扬弃，在当时是一种了不起的革命奋发精神。
从理论体系上看，“究天人之际”，有两个方面的意义。《说文》云：“际，壁会也。”清朱骏声曰：“凡两墙相合之缝曰际。”（见《说文通训定声》）两墙相合之缝，既是会合，也是分界。天人关系如两墙相合之缝，既是交会，也各自分途，有着明显的界限。
董仲舒讲“天人之际”，主要倾向是天人交会，宣扬畏天。其原话是：“臣谨案《春秋》之中，视前世已行之事，以观天人相与之际，甚可畏也。国家将有失道之败，而天乃先出灾害以谴告之，不知自省，又出怪异以警惧之，尚不知变，而伤败乃至。”（董仲舒《天人三策》）这就是汉代流行的天人感应学说。“相与”，即天人会合、互相感应。董仲舒的用心，企图用“谴告”说来限制君权为所欲为，免招败亡，维护统治阶级的长治久安。但是统治者是不会用虚妄的“谴告”说来束缚自己的手脚的，恰恰利用天人相与及君权神授的学说来开脱自己的罪责，愚弄百姓。董仲舒宣扬“畏天”，走向了他立意的反面，成为神学目的论者，受到统治者的欢迎。故他的天人相与学说得以泛滥。这一思想也给司马迁打下了时代的烙印。但是，司马迁的主要思想倾向，不是讲天人交会，而是讲天人相分。他删去董仲舒“天人相与之际”这句话中“相与”二字，还要“究”它一番，也就是“究天人之际”这一命题突出了天人相分的思想。司马迁“究”的方法，就是“论考之行事”，在对天象的实际观测和对人事的实际考察中，对天、人两个方面都获得了唯物主义的见解，这才是司马迁天人观的主流。