明代的珠算著作已失传很多，今传尚有徐心鲁的《盘珠算经》（1573年）、柯尚迁的《数学通轨》、朱载堉的《算学新说》（1584年）、程大位的《直指算法统宗》（1592年）、黄龙吟的《算法指南》（1604年）等。其中以程大位的《直指算法统宗》17卷影响最广，为明清两代习计算者必藏之书。《直指算法统宗》在体例和内容上与《九章算法比类大全》相类，它的特点和贡献在于：（1）全书595个应用题全用算盘演算；（2）首次使用珠算方法开平方和开立方；（3）记有他自己创制的测量田地用的“丈量步车”并绘有图，“丈量步车”系竹篾制成，可以盘卷，颇像现在测量用的卷尺；（4）附录了北宋元丰七年（1084年）以来的刻本数学著作51种，今存者仅剩15种。《直指算法统宗》有启后之功，明末李之藻编译《同文算指》时从此书中摘录了不少应用题以补西洋算法的不足。
明代前中期在传统数学的研究方面比较委靡，无法达到宋元时期的高深水平。徐光启认为个中原因是：“其一为名理之儒，土苴天下之实事；其一为妖妄之术，谬言数有神理”[17]，即一是科举制度下，士大夫鄙视实用科学，二是数学研究已陷入神秘主义泥坑。明代末期，涌现徐光启、李之藻、孙元化等热心翻译西方数学书籍并借鉴西方的某些数学原理展开中西数学会通研究的学者，他们的努力使落后的明代数学重又焕发出一些新的生机。